斑頭秋沙鴨棲息于湖泊、河流、池塘、濕地等，多集群活動(dòng)，也會(huì)與其它水鳥(niǎo)混群。喜歡在平靜的湖面上旅游、覓食，通常一邊游泳一邊頻頻潛水取食。善潛水，但潛水深度和每次潛水的時(shí)間長(zhǎng)短不及其它秋沙鴨。飛行快而直，兩翅煽動(dòng)較快，發(fā)出清晰的振翅聲。起飛時(shí)顯得笨拙，需要兩翅在水面急速拍打和在水面助跑一段距離才起飛。屬雜食性，食物包括小型魚(yú)類、甲殼類、貝類、水生昆蟲(chóng)、石蠶等無(wú)脊椎動(dòng)物，偶爾也吃少量植物性食物，如水草、種子、樹(shù)葉等。斑頭秋沙鴨于每年5月開(kāi)始繁殖，營(yíng)巢于樹(shù)孔上或崖壁、巖棚、河邊喬木洞內(nèi)，每窩產(chǎn)卵6—9枚，多的達(dá)到14枚。雌鳥(niǎo)孵卵，孵卵初期雄鳥(niǎo)守候在巢附近，以后離開(kāi)雌鳥(niǎo)獨(dú)自去換羽。

斑頭秋沙鴨已列入《世界自然保護(hù)聯(lián)盟瀕危物種紅色名錄》(IUCN)2012年ver3.1—無(wú)危（LC）。2021年，中國(guó)新增斑頭秋沙鴨為國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生動(dòng)物，保護(hù)級(jí)別二級(jí)。